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薄層層析硅膠板色譜柱是高效液相色譜儀最主要的部件，柱效的好壞直接影響目標化合物的分析和檢測。但在高效液相色譜分析中，容易發生柱堵塞引起系統壓力過高、柱效低引起峰拖尾和變寬、柱污染和損壞導致鬼峰等問題，出現這些問題的內在原因有硅羥基的死吸附、重金屬的存在、碳流失、緩沖液中鹽的析出和色譜柱變干等。
由于薄層層析硅膠板色譜柱的基材硅膠粒子表面存在硅膠羥基，樣品組分既在流動相與固定相之間進行分配，又在流動相與硅羥基之間進行分配，即存在雙分配效應。樣品組分被硅羥基吸附稱為死吸附或非特異性吸附。當硅羥基對樣品組分的吸附趨近于飽和時，柱效下降，會導致峰拖尾和變寬。
薄層層析硅膠板色譜柱的基材硅膠粒子無論純度多高，無論怎樣處理，都會有重金屬以金屬氧化物的形式殘存在硅膠粒子表面。這些金屬氧化物很容易與其它化合物形成螯合物，使其被氧化，產生不對稱峰或拖尾峰。固定相長期使用后，會有部分碳鏈被流動相洗脫下來，隨流動相一起流出色譜柱，造成碳流失。
薄層層析硅膠板色譜分析時，有時流動相中會含有緩沖鹽溶液。分析結束后，如果沒先用含一定配比的水相流動相沖洗，而直接用純有機相沖洗，瞬間柱子的微環境中有機相高，水相低。這時，流動相中的緩沖鹽溶液極易析出鹽，將柱子堵塞，使柱壓升高，柱效下降。如果色譜柱保存不當，使色譜柱中的保存液全部揮發掉，柱子內部變干，會損傷色譜柱，影響分離效果。
